La pandemia del COVID-19 fue declarada por la organización mundial de la salud (OMS) una emergencia de salud pública de preocupación internacional el 30 de enero de 2020. Esta contingencia sanitaria mundial provocó grandes cambios en muchos ámbitos y la educación superior no fue la excepción. La migración masiva de la educación presencial a la educación online desafió el quehacer de muchos, entre ellos a los docentes administrativos de instituciones de educación superior (IES). El objetivo de este estudio fue explorar los principales factores de satisfacción e insatisfacción en los docentes administrativos de IES que están enfrentando el gran desafío de administrar las instituciones de forma remota a distancia, por la protección sanitaria de la población en tiempos de COVID-19, con la finalidad de generar información que posibilite mejorar las decisiones cuando se tengan que enfrentar contingencias similares. Para ello se realizó una investigación cualitativa con 26 docentes administrativos de IES utilizando la técnica de incidentes críticos para recopilar y analizar los datos, recolectando un total de 181 incidentes críticos. Los incidentes críticos fueron analizados con la teoría de los dos factores de Herzberg (1959) y la teoría de los sucesos situacionales de la satisfacción laboral de Quarstein et al. (1992) para analizar los factores de satisfacción e insatisfacción de los docentes administrativos de IES a luz de tres categorías: “presupuestos institucionales”, “tiempo y carga laboral” y “condiciones físicas de trabajo”. Los resultados de este estudio muestran que la satisfacción y la insatisfacción frente a la labor a distancia de los docentes administrativos de IES en tiempos de pandemia son heterogéneos según género, edad e institución a las que pertenecen. Se abordan las limitaciones relacionadas con el sector específico de las IES y la naturaleza transversal de los datos.