Actualmente la evaluación del recurso hídrico, emplea bioindicadores como sistemas adicionales de diagnóstico, ya que estos indican perturbaciones antropogénicas. Los hifomicetos acuáticos al ser parte de la cadena trófica de los ecosistemas acuáticos, son indicadores de calidad del agua, al variar su presencia y concentración de conidios en función a la afectación ambiental. Por lo tanto esta investigación evaluó su rol bioindicador de calidad ambiental en el Río Chirgua en Venezuela. Mensualmente durante el 2011, en dos zonas: 1) cabecera (sin afectación) y 2) zona aguas abajo (con afectación), se determinaron parámetros físico-químicos (O2, conductividad, pH, temperatura y sólidos totales), nutrientes (SO4-2, PO4-3, NO2-2 y NO3-3), coliformes (totales y fecales) y hifomicetos acuáticos (riqueza y conidios/mL). Se registraron 44 especies, 42 (20 exclusivas) en la zona 1 y 24 (2 exclusivas) en la zona 2. En el sector afectado disminuyó el número de especies y concentración de conidios en función del incremento de coliformes (totales y fecales), en comparación con la zona no afectada. Las especies sensibles a la perturbación ambiental por coliformes fueron: Brachiosphaera tropicalis, Camposporium antenatum, Campylospora filicladia, Campylospora parvula, Clavatospora tentacula, Clavatospora stellata, Culicidospora gravida, Diplocladiella scalaroides, Flabellospora acuminata, Helicomyces colligatus, Helicomyces sp., Helicomyces torquatus, Phalangispora constricta, Tetracladium marchalianum y Triscelophorus monosporus, mientras que las tolerantes fueron: Alatospora acuminata, Campylospora chaetocladia, Flabellospora crassa, Isthmotricladia gombakiensis, Tetraploa cf. aristata y Triscelophorus acuminatus.