O objetivo deste estudo foi avaliar a influência do cultivo de café em diferentes altitudes associado ao tipo de processamento dos frutos na diversidade e densidade da população de leveduras e na qualidade química e sensorial da bebida final. O experimento foi conduzido na Fazenda Segredo, no município de Cristais, Minas Gerais, com amostras de café colhidas em talhões da variedade Mundo Novo. Após a colheita das amostras, foi realizada a separação dos grãos de café em cereja e os tratamentos de seca natural em terreiro e fermentação anaeróbica em tambores por 36 horas. O delineamento experimental utilizado foi em blocos casualizados, em esquema fatorial 3x2, com três repetições por tratamento. A densidade de leveduras foi medida por meio da técnica de diluição seriada e a diversidade dada pelo Índice de Shannon-Wiener (H’). A classificação dos grãos seguiu o Regulamento Técnico de Identidade e Qualidade para a Classificação do Café Beneficiado Cru e a análise sensorial feita segundo a metodologia Specialty Coffee Association (SCA), por juízes certificados pela mesma. A cultura do café na altitude de 845 metros associada ao processo de fermentação anaeróbica apresentou a maior taxa de densidade e diversidade de leveduras no grão e as características sensoriais distintas, resultando em uma bebida de sabor diferenciado.