Pegagan merupakan tanaman yang memiliki banyak manfaat dan termasuk kedalam 50 jenis tanaman obat yang sering digunakan sebagai obat tradisional. Kurangnya kontrol kualitas obat tradisional dapat mengakibatkan banyaknya kecurangan. Pendekatan multikomponen seperti pola sidik jari dapat digunakan untuk pengendalian kualitas bahan baku obat tradisional. Tujuan penelitian adalah untuk menentukan pola sidik jari pegagan menggunakan metode FTIR dikombinasikan dengan PCA. Metode yang digunakan yaitu pengukuran spektrum menggunakan FTIR pada bilangan gelombang 4000-650 cm -1 dengan resolusi 4 cm -1 . Pola sidik jari herba pegagan di Jawa Barat didapatkan scores plot nilai PC-1 terhadap PC-2 81% (PC-1 45% dan PC-2 36%) herba pegagan daerah Jawa Barat tidak dapat berada dalam satu kuadran yang sama, herba pegagan daerah Sumedang berada pada kuadran satu, daerah Bandung, Pangandaran dan Sukabumi berada pada kuadran dua dan Bogor berada pada kuadran tiga. Validasi analisis PCA menunjukkan Score plot 73% (PC-1 44% dan PC-2 29%) dan nilai eigen value PC-1 dan PC-2 berturut-turut sebesar 3,379 dan 2,705. Metode FTIR dikombinasi PCA dapat mengklasifikasikan masing-masing variabel dari setiap tanaman dengan menentuan jumlah komponen utama yang terpilih. Diperoleh profil sidik jari ekstrak etanol 96% herba pegagan di daaerah Jawa Barat menggunakan FTIR diperoleh hasil spektrum dari 5 jenis sampel tersebut, kombinasi dengan PCA. Profil sidik jari dalam Score plot menunjukkan pegagan sumedang memiliki perbedaan dengan daerah Bandung,