El presente artículo tiene como objetivo analizar la dependencia organizacional de la unidad encargada del proceso de acreditación institucional en las universidades chilenas. Para ello, se realizó un análisis cuantitativo y descriptivo de las universidades chilenas acreditadas del Consejo de Rectores y de las Universidades Privadas al año 2015. Lo anterior, a partir de información obtenida de la Comisión Nacional de Acreditación, de las páginas web e información telefónica de las universidades. Los análisis estadísticos incluyeron estadísticas descriptivas, tablas de contingencias y análisis de correspondencias múltiples. Los resultados del estudio evidencian que en las universidades del Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (CRUCH), el 72% de las unidades encargadas de la acreditación institucional dependen de rectoría, a diferencia de las universidades privadas que representan un 58%. Mediante la aplicación de un análisis de correspondencias múltiples comparativo entre ambos tipos de universidad, se descubre, principalmente, una asociación entre aquellas universidades cuya unidad encargada del proceso de acreditación depende de una rectoría y presenta 4 o 5 años y 3 o 4 áreas de acreditación. De igual manera, el estudio evidencia una asociación entre las universidades que obtienen 5 áreas y 6 o 7 años, sin ser relevante, en estos casos, el tipo de universidad. Por lo tanto, se concluye que la naturaleza jurídica de una institución, sea del CRUCH o privada, no se asocia necesariamente con una mejor calidad. En definitiva, los resultados permiten confirmar la hipótesis bajo estudio, es decir, no existe asociación significativa entre la dependencia organizacional y los resultados obtenidos en el proceso de acreditación.