Introducción: La infección congénita por citomegalovirus (CMVc) es la causa más frecuente de infección intrauterina, 90% de los recién nacidos (RN) son asintomáticos al nacer y 6 a 15% desarrollarán secuelas a largo plazo, siendo la principal etiología de hipoacusia sensorio-neural no-genética. Objetivo: Determinar la prevalencia de CMVc en RN de alto riesgo. Pacientes y Método: Estudio de cohorte prospectivo, incluyó RN hospitalizados, con uno o más de los siguientes criterios: peso de nacimiento < 1.500 g, < 32 semanas edad gestacional (EG), pequeños para edad gestacional (PEG) severos, sospecha de infección congénita o que "no pasan" en estudio auditivo al nacer, además de hijos de madre con infección por VIH. Se realizó reacción de polimerasa en cadena para CMV en orina antes de 21 días de vida. Resultados: Se enrolaron 193 RN. Prevalencia global CMVc 2,6% (n: 5) y por grupo de riesgo: 1/3 (n: 1) en RN con sospecha activa de infección congénita, 8,3% en RN con resultado "no pasa" en estudio auditivo, 4,9% en hijos de madre con infección por VIH, 3,3% en PEG severo y 1,7% < 1500 g, ninguno con asociación significativa. Sólo un paciente con CMVc fue sintomático, quien falleció en el período neonatal y los restantes RN con CMVc (asintomáticos) tienen seguimiento auditivo normal. Discusión: La prevalencia reportada es comparable a las internacionales. Recomendamos cribado de CMVc, al menos en grupos de riesgo, siendo lo ideal el cribado universal. Esto permitiría su tratamiento oportuno y un seguimiento activo.