A pandemia do novo coronavírus se apresenta como um dos maiores desafios sanitários do século 21. O primeiro caso confirmado no Brasil foi registrado no dia 25 de fevereiro de 2020, em São Paulo, e na Bahia, em 6 de março de 2020. Em função da Emergência de Saúde Pública de Importância Internacional (ESPII), a Secretaria da Saúde do Estado da Bahia (Sesab) desenvolveu o Projeto de Operação Especial de Vigilância Sanitária, em articulação com a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa), em um período de 90 dias. Este trabalho tem como objetivo descrever as ações de controle e mitigação da epidemia de Covid-19 no estado da Bahia, mediante a realização de barreiras sanitárias nos principais aeroportos, rodoviárias e nas rodovias intermunicipais de maior fluxo de veículos, com desenvolvimento de atividades de educação e comunicação em saúde para viajantes e trabalhadores. Trata-se de um estudo descritivo, com uso da técnica da observação participante, cujas atividades foram centradas na avaliação do risco sanitário, visando o controle e a mitigação da epidemia de Covid-19 no estado da Bahia. As barreiras sanitárias nos principais pontos de entrada do estado contribuíram para detecção e notificação de casos suspeitos para Covid-19, bem como para refrear a introdução e disseminação do vírus SARS-CoV-2 em determinados territórios. Considera-se as barreiras sanitárias uma estratégia relevante, visto que podem contribuir na implementação de ações de vigilância relacionadas às pessoas em trânsito (viajantes e trabalhadores), de modo a minimizar e/ou reduzir o avanço da epidemia em sua fase inicial no território baiano.