Sebagai salah satu negara penghasil ikan nila terbesar di dunia, Indonesia harus mewaspadai dan melakukan antisipasi terhadap kemungkinan masuk dan tersebarnya penyakit TiLV di Indonesia. Lalu lintas perdagangan ikan nila, baik ikan hidup dan/atau ikan mati, antar negara atau antar daerah akan meningkatkan peluang masuk dan tersebarnya penyakit TiLV di Indonesia.  Di beberapa daerah seperti Sumatera, Jawa, Bali dan Lombok telah terjadi kasus kematian pada budidaya ikan nila secara massal yang kemungkinan infeksi penyakit TiLV.                Metode uji untuk pengujian Tilapia Lake Virus (TiLV) adalah Konvensional Nested PCR. Pengambilan contoh uji dalam penelitian Tilapia Lake Virus (TiLV) didasarkan pada frekuensi kegiatan lalu lintas ikan nila antar area melalui Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya I.               Hasil deteksi virus TiLV pada ikan nila di Balai KIPM Surabaya I padatanggal 1 Januari  sampai dengan 30 Juni 2021, diperoleh sebanyak 35 sampel ikan Nila. Sampel tersebutterdiri dari benih ikan nila dan ikan nila dengan hasil setiap sampel disajikan padalampiran 1. Dari seluruh sampel diperoleh hasil bahwa 35 sampel yang diperiksa ada 1 sampel yang positif TiLV. Adapun untuk sampel ikan nila negative TiLV maka sertifikat kesehatan ikan dapat diterbitkan dan dapat dilalulintaskan baik domestik maupun ekspor, namun apabila sampel ikan nila positif TiLV maka sertifikat kesehatan ikan tidak dapat diterbitkan dan dapat dilalulintaskan baik domestik maupun ekspor.

Virus Cyprinid Herpesvirus 3 (CyHV-3) merupakan salah satu penyebab infeksi akut penyebab kematian pada ikan koi. Genom CyHV-3 mengkode lima keluarga gen:ORF2, reseptor tumor necrosis factor (TNFR), ORF22,ORF25, dan RING. Dalam pemantauan Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan Surabaya I tahun 2015 ditemukan penyakit Koi Herpesvirus di beberapa daerah di Jawa Timur yaitu Malang, Madiun, Kediri dan Blitar.  Sampel yang berupa ikan koi dilakukan deteksi terhadap CyHV-3 dengan metode PCR,setelah dipastikan positif terhadap virus CyHV-3, dilakukan PCR kembali pada isolat DNA dengan menggunakan primer spesifik terhadap gen penyandi glikoprotein (ORF25),selanjutnya disekuensing menggunakan metode direct sequencing sehingga diketahui sekuen nukleotida. Sekuen nukleotida selanjutnya diterjemahkan dalam bentuk asam amino. Hasil sekuen nukleotida dan asam amino di alignment menggunakan program GENETYX ver 10, serta dilanjutkan analisa filogenetik. Hasil pohon filogenetik pada gen ORF25 menunjukkan isolat Jawa Timur (Malang, Madiun, Kediri dan Blitar,) dekat kekerabatannya dengan isolat China (KP004892), Jepang (AP008984) dan Korea (JQ308816) daripada dengan isolat Amerika (NC_009127.1) dan Israel (DQ177346). Pada penelitian ini dapat disimpulkan bahwa isolat CyHV-3Jawa Timur (Malang, Madiun, Kediri dan Blitar) memiliki homologi dan tingkat kekerabatan yang tinggi pada sekuen nukleotida dan asam amino dan diindikasikan berasal dari China,  sehingga gen ORF25pada isolat tersebut dapat diketahui untuk mengidentifikasi asal muasal penyakit dan menentukan kebijakan sehingga dapat segera dicegah/dikendalikan penyakit KHV pada ikan koi.