Latar belakang. Stunting masih menjadi permasalahan utama kesehatan anak. Intervensi pada periode 1.000 hari pertama kehidupan penting untuk mencegah stunting. Stunting berkaitan dengan disbiosis mikrobiota usus yang masih menjadi hal menarik dan perlu untuk diteliti. Perubahan komposisi mikrobiota usus tergambar dari keadaan pH feses.Tujuan. Mengetahui hubungan pH feses sebagai prediktor disbiosis mikrobiota usus dengan stunting pada Batita. Metode. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang dalam uji prognostik. Pengambilan sampel dilakukan secara consecutive sampling pada Batita yang mengikuti kegiatan Posyandu di Kecamatan Jaten, Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah pada Februari 2021 – Juli 2021. Data dianalisis menggunakan koefisien kontingensi dan regresi logistik, tingkat kemaknaan hasil uji ditentukan berdasarkan nilai p<0,05.Hasil. Dari 55 subjek neonatus, didapatkan 15 subjek dengan stunting. Sembilan dari 15 subjek stunting memiliki pH feses lebih tinggi signifikan dibandingkan dengan Batita normal, yakni ?6,41 (p<0,001). Nilai cut off didapatkan untuk pH feses adalah 6,41 dengan sensitivitas 60%, spesifisitas 95%, dan odd ratio (OR) 28,50; (IK 95% 4,915-165,245).Kesimpulan. Terdapat hubungan pH feses sebagai prediktor disbiosis mikrobiota usus dengan stunting pada Batita.