Приводится информация о водорослях, развивающихся в двух озерах Ханты-Мансийского автономного округа – Югры. Сбор и изучение фитопланктона и перифитона выполнены синхронно, в начале лета 2011 года. Целью работы является анализ таксономической структуры водорослей озер Самотлор и Вильент.Всего в водоемах отмечено 67 видовых и внутривидовых таксонов, относящихся к 28 родам, 19 семействам, 7 классам и 4 отделам: Chrysophyta – 9; Bacillariophyta – 19; Euglenophyta – 6; Chlorophyta – 33.Полученные вХанты-Мансийском автономном округе – Югре новые данные подтвердили распространение некоторых видов в экотопах с кислой средой и малыми концентрациями солей, то есть в ультрапресных, очень мягких водах. Так называемый «болотный комплекс» водорослей рассматриваемых озер составляет 26.9% от общего состава, представлен видами родов Pinnularia (2), Eunotia(2), Staurastrum (2), Cosmarium (3), Euastrum(1) и Closterium(8).Характер раннелетнего водорослевого комплекса имеет структуру диатомово – зелено – золотистого. К наиболее часто встречаемым водорослям относятся: Dinobryondivergens, Trachelomonashispida, Closteriumacicularis, Monoraphidiumarcuatium, Trachelomonasvolvocina, Nitzchiasublinearis, Tabellaria, Dinobryoncylindricum, D. elegans.По результатам эколого-географического анализа водорослей преобладают широко распространенные, олигогалобные и индифферентные по отношению к активной реакции среды виды.