Estudos paleopalinológicos baseiam-se na identificação de grãos de pólen e esporos fósseis a partir da comparação com tipos modernos. Esta pesquisa objetivou desenvolver um atlas palinológico atual da flora nativa localizada na bacia de Colônia. Para a construção da listagem de espécies foram utilizados taxa encontrados na literatura botânica do local. Com base na lista, foram coletadas no Herbário UEC/Unicamp. O material foi processado utilizando a técnica de acetólise. Neste artigo são descritas 77 espécies, pertencentes a 44 famílias de angiospermas que representam a maioria das famílias presentes na Bacia de Colônia. Os grãos de pólen foram caracterizados considerando aspectos morfológicos e registro fotográfico no eixo polar e equatorial, conjuntamente com os aspectos ecológicos da espécie. O presente atlas fornecerá auxílio na identificação de taxa de pólen fóssil observados nos registros palinológicos do Quaternário que se encontram em andamento na Bacia de Colônia.