Resumen La cordillera Chongón Colonche conocida por su alta diversidad y endemismo presenta vacíos de información biológica así como la deforestación que amenazan la biodiversidad del sitio. Se determinó la composición, estructura y diversidad de la flora leñosa en dos localidades de la cordillera, Loma Alta y Dos Mangas, mediante parcelas de 0.1 ha ubicadas a 500 msnm. Se identificaron 48 especies, 46 géneros y 28 familias, donde las más representativas fueron Arecaceae y Urticaceae. La estructura estuvo conformada por seis clases diamétricas y siete altimétricas. El endemismo y estado de conservación se congrega en 19 especies (40%), de las cuales Inga carinata "Guaba", Gustavia serrata "Membrillo", Sorocea sarcocarpa "Tillo" y Randia carlosiana "Cañafito" son las más importantes. La diversidad alfa oscila en rangos medios, donde Loma Alta presentó mayor diversidad promedio (2.40 nats/ind) y menor dominancia promedio (0.13). La tasa de recambio (1.29) fue mayor en Loma Alta y el análisis de ordenación nMDS-ANOSIM-SIMPER estableció diferencias significativas (R = 0.80, p < 0.01) definiendo dos grupos disimiles (54%) florísticamente. La diversidad vegetal de los bosques de garúa está compuesta por familias características de los bosques húmedos occidentales y que difieren de la vegetación característica de los Bosques Estacionalmente Secos del Pacífico Ecuatorial, pero ambas regiones florísticas convergen en esta cordillera; por lo que, la conservación del bosque y un manejo efectivo de sus áreas protegidas es imperativo. Los resultados contribuyen al conocimiento local y regional de los bosques húmedos y secos de la costa ecuatoriana.