El Nitrógeno (N) es considerado el nutriente más importante para la producción vegetal, por lo que se requiere fertilizar con cantidades del mismo que permitan garantizar el adecuado desarrollo de los cultivos. Actualmente, los fertilizantes de síntesis química con amonio (NH4+), nitrato (NO3-) o úrea (CO(NH2)2), son los más utilizados; sin embargo, se dosifican y aplican a los suelos de forma incorrecta empleando cantidades elevadas con poca eficiencia, causando problemas de salinidad, toxicidad y de contaminación en suelos y aguas, lo que a su vez tiene efectos en los ecosistemas y la salud. Teniendo en cuenta la necesidad de continuar generando tanto productos, como mecanismos, que permitan garantizar la productividad de los sistemas agrícolas y su aporte a la economía y seguridad alimentaria de los países de forma sostenible, se han planteado soluciones variadas al respecto. En este escrito se buscó analizar los efectos generados por los fertilizantes nitrogenados en los suelos y aguas, así como las alternativas planteadas por varios autores que permiten minimizar el impacto de estos compuestos en el ambiente. Tras realizar una revisión sistemática de diversos estudios sobre el tema, se observó que en la literatura de los últimos 20 años se resalta el uso de microorganismos para la biorremediación, así como la aplicación de biofertilizantes como las alternativas más relevantes y eficientes para contrarrestar los efectos contaminantes con fertilizantes nitrogenados de forma sostenible.