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En la región de Cuencas Costeras de Jalisco, la cual tiene una extensión de 9 403.8 km 2 , se experimentan procesos de degradación y deforestación por cambios de uso de suelo y donde se aplica un manejo insostenible de sistemas de producción agropecuarios, que conllevan a la perdida de diversidad biológica, contaminación de suelos y agua, entre otros.

La cuenca baja del río Ayuquila, Jalisco, a pesar de su importancia en términos de biodiversidad, presenta una compleja problemática ambiental, al menos 12% del territorio presenta algún proceso de cambio en su cobertura forestal a causa de actividades productivas no sustentables (Jardel-Peláez et al., 2016). En la actualidad los sistemas agropecuarios tienen una atención prioritaria debido a que se conciben como motores de procesos de degradación y deforestación de ecosistemas.