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Este estudo avaliou o efeito da sazonalidade sobre as características hidrológicas e a dinâmica do fitoplâncton no estuário do Emboraí Velho. Foram realizadas coletas nictimerais em duas estações fixas durante marés de sizígia em quatro meses de 2018. As variáveis hidrológicas foram determinadas através de CTDO’s e da análise de amostras de água coletadas com garrafas de Niskin. O fitoplâncton foi coletado com redes cônicas de plâncton (64 µm) e com garrafas de Niskin (estudo quantitativo). Os resultados mostraram variações sazonais nas variáveis hidrológicas. Foram identificados 189 táxons, sendo as diatomáceas as mais abundantes e frequentes. A densidade fitoplanctônica e a biomassa (clorofila-a) variaram sazonalmente, com valores mais elevados no período seco e chuvoso, respectivamente. A análise de correspondência canônica (ACC) mostrou a existência de dois grupos sazonais distintos, demostrando a influência da pluviosidade sobre a hidrodrologia e a dinâmica da comunidade fitoplanctônica local.