Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) was the pathogen responsible for the highest number of deaths from infectious diseases in the world, before the arrival of the COVID-19 pandemic. Whole genome sequencing (WGS) has contributed to the understanding of genetic diversity, the mechanisms involved in drug resistance and the transmission dynamics of this pathogen. The object of this study is to use WGS for the epidemiological and molecular characterization of M. tuberculosis clinical strains from Chinchiná, Caldas, a small town in Colombia with a high incidence of TB. Sputum samples were obtained during the first semester of 2020 from six patients and cultured in solid Löwenstein-Jensen medium. DNA extraction was obtained from positive culture samples and WGS was performed with the Illumina HiSeq 2500 platform for subsequent bioinformatic analysis. M. tuberculosis isolates were typified as Euro-American lineage 4 with a predominance of the Harlem and LAM sublineages. All samples were proven sensitive to antituberculosis drugs by genomic analysis, although no phenotype antimicrobial tests were performed on the samples, unreported mutations were identified that could require further analysis. The present study provides preliminary data for the construction of a genomic database line and the follow-up of lineages in this region.

Introducción: los servicios de urgencias requieren de la toma de medidas eficaces y oportunas en el manejo de los pacientes, esto incluye el uso adecuado de antibióticos. La resistencia antimicrobiana dificulta la instauración de terapias empíricas adecuadas, por lo que su vigilancia toma un papel fundamental en los programas de optimización de uso de antimicrobianos. Objetivo: describir el perfil microbiológico y la resistencia antibiótica de los aislamientos urinarios obtenidos de pacientes adultos de los servicios de urgencias de 7 instituciones de tercer nivel de la ciudad de Manizales, durante el año 2018. Resultados: se recolectaron 1991 aislamientos urinarios, el microorganismo más frecuentemente aislado fue Escherichia coli con un 62%. Se encontraron altas tasas de resistencia a cefazolina, trimetoprim/sulfametoxazol, ciprofloxacina y ampicilina/sulbactam. La resistencia a nitrofurantoína y fosfomicina al igual que a carbapenémicos es baja para Escherichia coli. Los aislamientos urinarios de Pseudomonas aeruginosa muestran niveles de resistencia superiores al promedio nacional. Conclusiones: es importante individualizar el manejo antibiótico empírico, teniendo en cuenta la estratificación por severidad, la presencia de factores de riesgo para bacterias multidrogorresistentes, y la epidemiología local; los análisis de cada institución y los resultados de este trabajo, pueden ser utilizados para establecer conductas terapéuticas más precisas en los casos de infecciones del tracto urinario, mejorando los desenlaces de estos pacientes y los costos derivados de la atención en salud.

RESUMENIntrodución: se han usado agar cromógeno (AC) y la prueba del tubo germinal (PTG) para identificar C. albicans. Sin embargo, ninguna de estas dos pruebas por separado permite la identificación de C. glabrata.Objetivo: analizar la eficacia diagnóstica del uso secuencial del AC y la PTG para identificar las especies más comunes de Candida.Métodos: se identificaron 436 aislamientos usando el AC y luego la PTG; se utilizaron las pruebas bioquímicas como estándar de oro, y se determinaron la sensibilidad y especificidad del esquema secuencial con sus intervalos de confianza.Resultados: el uso en serie del AC y la PTG tuvo sensibilidad del 97,9 % (IC95 %: 96,0-99,9) para identificar C. albicans/dubliniensis y del 90,9 % (IC95 %: 84,0-97,8) para identificar C. tropicalis, con especificidad del 100 % para ambas especies. El mismo esquema permitió identificar C. glabrata con sensibilidad del 92,5 % (IC95 %: 86,2-98,8) y especificidad del 96,6 % (IC95 %: 95,0-98,6), y el complejo C. parapsilosis con especificidad del 96,3 % (IC95 %: 94,5-98,1).Conclusiones: el esquema propuesto permite la identificación de C. albicans/dubliniensis, C. tropicalis y C. glabrata con sensibilidad y especificidad adecuadas, y podría ser útil en entornos clínicos de bajos recursos.

No abstract