Se estudió la ocurrencia y diversidad de especies de Fusarium y Trichoderma en 29 puntos de una parcela de plátano (Musa AAB) en Veracruz, México, durante noviembre de 2017 y abril 2018. La parcela se dividió en dos partes; en la primera se realizó barbecho y eliminación de maleza (procedimiento en cultivo 1) mientras que en la segunda no se realizaron estas actividades (procedimiento en cultivo 2). Se aislaron hongos del suelo colectado en estos sitios usando papa dextrosa y agar (PDA) y K2. Al momento de colectar las muestras se registró la temperatura, precipitación y radiación solar. Los resultados del análisis mostraron 68% más presencia de unidades formadoras de colonias (UFC) en suelos donde no se realizaron labores de cultivo usando K2 a diferencia de suelos donde sí se realizaron éstas usando PDA (32%). También se observó poca cantidad de UFC cuando los valores de temperatura, precipitación y radiación fueron altos. Los análisis moleculares mostraron 65% más abundancia de especies en suelos sin labor comparado con suelos cultivados (35%), seis de 16 aislados de Fusarium fueron Fusarium oxysporum f. sp. melonis y seis de 13 aislados de Trichoderma fueron Trichoderma longibrachiatum en el primer muestreo mientras que nueve de 14 aislados de Trichoderma fueron Trichoderma spirale en el segundo muestreo. El análisis de la diversidad intrapoblacional de siete aislados de Trichoderma spirale, mostraron bandas de 75 a 500 bp en tres locis del genoma en el aislado VB28IT1 con cinco ISSR.