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A bacia hidrográfica do rio Atoya situada no Departamento de Chinandega, uma das maiores regiões produtoras de algodão da Nicarágua, é alvo de intensas e constantes aplicações de pesticidas. Com o objetivo de estudas a variação das concentrações de resíduos de pesticidas organoclorados e organofosforados entre a época de seca (novembro-abril) e de chuva(maio-junho) nessa região, analisaram-se amostras de água e de sedimentos de rios e de poços de ponto estrategicamente selecionados. De modo geral, as maiores concentrações de pesticidas das água e dos sedimentos foram detectados no período de seca. Os compostos DDT, DDD, DDE e toxafeno são os resíduos organoclorados encontrados com maior freqüencia, tanto nas águas quanto nos sedimentos, enquanto que endrin, aldrin, dieldrin e lindano dominam nas águas de rios e de poços. Os compostos  organofosforados raramente foram detectados, entretanto resíduos de etion, metil-paration e etil- paration foram encontrados em altas concentrações em algumas amostras de águas de rios e de poços. Na amostra fracionada verificou-se tendência da maioria dos organoclorados em se acumular nas frações finas, ricas em matéria orgânica, a exceção do DDE que se acumula nas frações grossas.