La digestibilidad es la facilidad con la que los alimentos se convierten en el sistema digestivo en sustancias útiles para la nutrición; ésta comprende la hidrólisis de moléculas complejas y la absorción de moléculas pequeñas en el intestino. La microbiota es fundamental en estos procesos y el mal funcionamiento de estos microorganismos está asociado con enfermedades metabólicas. El objetivo de este estudio fue caracterizar y evaluar la digestibilidad y el efecto prebiótico del extracto de fruto de Stenocereus queretaroensis, ya que se desconocen su valor nutricional y funcionalidad. El extracto se obtuvo del fruto a 4 °C usando un extractor de jugo; posteriormente, se filtró y liofilizó; además, se determinó su valor y calidad nutricional parcial mediante análisis fisicoquímicos y proximales. Asimismo, se establecieron técnicas para evaluar la digestibilidad oral, gástrica e intestinal y para evaluar el efecto prebiótico. El extracto mostró un color rojo (L* = 17.21 ± 0.1, a* = 38.61 ± 0.1, b* = 10.60 ± 0.2), con un pH de 3.78 ± 0.1, sin grasa cruda y 0.77 ± 0.0 % (p/p) de fibra cruda, 1.36 ± 0.0 % de proteína, 88.82 ± 0.8 % de extracto libre de nitrógeno y efecto prebiótico para Bacillus coagulans, Lactobacillus sporogenes y L. delbrueckii.