El mucílago es un componente de la vaina de cacao, está constituido por el mesocarpio del fruto y representa el 15-20% del peso del grano fresco, el alto contenido de azúcares reductores que se encuentra en el mucílago de las variedades CCN-51 7.42% de azúcares y 11.36% en Nacional) permitió que el mucílago se degradara fácilmente y de esta manera obtener bioetanol el mismo que fue sometido a diferentes análisis para determinar las características fisicoquímicas,   los análisis realizados sobre la degradación del mucílago del cacao CCN51 fueron: pH 4.07, 12.9 Sólidos totales, 0.9% acidez total, 60 °GL, turbidez de 2.93 NTU, una densidad de 0.91 g / cm3, y calor específico de 0.92 kJ / Kg ° C, mientras que la variedad Nacional obtuvo un pH de 4.67, 13.6 de sólidos totales, 1.7 g / cm3 de acidez total,  52 °GL, turbidez 9,33 NTU, una densidad de 0,93 g/cm3 y calor específico de 0,95 kJ/Kg °C.   La concentración de levadura Saccharomyces cerevisiae aplicada para obtener bioetanol y que mejores resultados se obtuvieron es del 0,05% esto permite que durante el proceso de fermentación del bioetanol a partir del mucílago del cacao los azúcares se oxiden más fácilmente  para producir un mayor contenido alcohólico.