Este artículo cuestiona las implicaciones metodológicas que en teoría respetan el principio de autonomía en las investigaciones sociales. Se parte de consideraciones legales y principios teóricos y éticos, atendiendo a códigos deontológicos de asociaciones profesionales referentes al campo y a la normativa española sobre protección de datos personales. A continuación se muestra cómo se adaptó la teoría expuesta a la idiosincrasia metodológica de una investigación sobre educación cívica con menores de edad. Se resalta la necesidad de reflexionar sobre protocolos de actuación ética durante el diseño metodológico de las investigaciones, teniendo en cuenta consideraciones ético-epistemológicas y contextuales, como la posición relativa de los sujetos de estudio en el marco de las relaciones de poder existentes allí donde se desarrolla la acción.