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Objetivo: evaluar la prevalencia de yodo deficiencia y de bocio en mujeres indígenas gestantes de cinco áreas no metropolitanas en Colombia. Materiales y métodos: estudio de corte transversal descriptivo. Se incluyeron mujeres embarazadas de cualquier edad gestacional sin condiciones patológicas del embarazo, atendidas en los centros de salud comunitarios o en sus residencias. Se excluyeron aquellas con comorbilidades presentes al momento del embarazo y también a quienes recibían suplementos con yodo. Muestreo aleatorio simple. Se midieron las características sociodemográficas y obstétricas, la concentración de yodo en orina y la presencia de bocio de acuerdo a la metodología de la Organización Mundial de la Salud. Se realizó un análisis descriptivo. Resultados: 189 gestantes indígenas fueron candidatas a ingresar al estudio, de las cuales 2 no aceptaron participar y 62 tenían criterios de exclusión, finalmente se analizaron 125. La concentración urinaria de yodo tuvo una mediana de 184.4 μg/L (rango 12.0-390.0). Un total de 42 gestantes (33.6%) tenían yodo deficiencia (< 100 μg/L) y se evidenció bocio (grado 1-2) en 43 (34.4%). No se evidencia bocio grados 3 o 4. Conclusiones: embarazadas indígenas residentes en áreas no metropolitanas evidenciaron alta prevalencia de bocio y yodo deficiencia. Se requiere evaluar los efectos materno-perinatales e implementar intervenciones nutricionales.