The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 is a public health problem unprecedented in the recent history of humanity. Different in-house real-time RT-PCR (rRT-PCR) methods for SARS-CoV-2 diagnosis and the appearance of genomes with mutations in primer regions have been reported. Hence, whole-genome data from locally-circulating SARS-CoV-2 strains contribute to the knowledge of its global variability and the development and fine-tuning of diagnostic protocols. To describe the genetic variability of Colombian SARS-CoV-2 genomes in hybridization regions of oligonucleotides of the main in-house methods for SARS-CoV-2 detection, RNA samples with confirmed SARS-CoV-2 molecular diagnosis were processed through next-generation sequencing. Primers/probes sequences from 13 target regions for SARS-CoV-2 detection suggested by 7 institutions and consolidated by WHO during the early stage of the pandemic were aligned with Muscle tool to assess the genetic variability potentially affecting their performance. Finally, the corresponding codon positions at the 3' end of each primer, the open reading frame inspection was identified for each gene/protein product. Complete SARS-CoV-2 genomes were obtained from 30 COVID-19 cases, representative of the current epidemiology in the country. Mismatches between at least one Colombian sequence and five oligonucleotides targeting the RdRP and N genes were observed. The 3' end of 4 primers aligned to the third codon position, showed high risk of nucleotide substitution and potential mismatches at this critical position. Genetic variability was detected in Colombian SARS-CoV-2 sequences in some of the primer/probe regions for in-house rRT-PCR diagnostic tests available at WHO COVID-19 technical guidelines; its impact on the performance and rates of false-negative results should be experimentally evaluated. The genomic surveillance of SARS-CoV-2 is highly recommended for the early identification of mutations in critical regions and to issue recommendations on specific diagnostic tests to ensure the coverage of locally-circulating genetic variants.

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ResumenEl virus sincitial respiratorio es uno de los principales agentes causantes de hospitalizaciones en niños menores de 5 años en todo el mundo y es responsable de una significativa mortalidad en los países en vías de desarrollo. Los resultados de estudios recientes sobre la inmunidad antiviral han generado un ambiente de optimismo sobre la posibilidad de lograr una vacuna antiviral segura y eficaz en un futuro cercano. En este contexto, uno de los objetivos del seminario taller sobre integración intersectorial de la investigación en salud, organizado por el Cideim, fue detectar las necesidades de investigación para facilitar la introducción de las vacunas contra el virus sincitial respiratorio en Colombia y, en particular, hacer un análisis de la carga de la enfermedad producida por este agente en Colombia. Como contribución a este último objetivo, en el presente trabajo se hizo la revisión de 36 estudios epidemiológicos y clínicos sobre el virus sincitial respiratorio realizados en el país en los últimos 40 años, con el fin de evaluar históricamente la prevalencia de la enfermedad por este patógeno y la periodicidad reportada en las diferentes ciudades de Colombia. Aunque en varias ciudades existe un pico en la presentación del virus entre marzo y abril, particularmente en Bogotá, la ciudad del país con el mayor número de estudios, en otras ciudades, como Cali, este no parece ser el caso. A pesar de que existe heterogeneidad en la prevalencia de las infecciones por el virus sincitial respiratorio (rango de 7 a 41 %) dependiendo, sobre todo, del tipo de estudio, en los últimos 40 años este ha sido el principal agente responsable de la infección respiratoria baja en niños menores de 5 años en Colombia. © 2017. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat. Palabras claves:Virus sincitial respiratorio; Periodicidad; Prevalencia; Colombia; Infecciones respiratorias; Niño. Prevalence and periodicity of respiratory syncytial virus in Colombia AbstractRespiratory syncytial virus is one of the main agents responsible for hospitalizations in children under 5 years of age worldwide and is responsible for significant mortality in developing countries. Recent studies on antiviral immunity have created an atmosphere of optismism about the possibility of achieving a safe and effective antiviral vaccine in the near future. In this context, during the course of the Seminar/Workshop: "Intersectoral integration in health research" organized by CIDEIM, one of the objectives was to identify research needs to facilitate the introduction of respiratory syncytial virus vaccines in Colombia and particularly to estimate the disease burden by this agent in the country. In this context, the present work revised the information reported by epidemiologial and clinical studies on respiratory syncytial virus conducted in the country within the past 40 years to describe the disease prevalence and the temporal distribution of this respiratory pathogen in different cities of Colombia. Although in several cities there is a peak in the presentation of t...

LE PROFESSEUR -Résumons : pour apprendre à prononcer, il faut des années et des années. Grâce à la science, nous pouvons y arriver en quelques minutes. Pour faire donc sortir les mots, les sons et tout ce que vous voudrez, sachez qu'il faut chasser impitoyablement l'air des poumons, ensuite le faire délicatement passer, en les effleurant, sur les cordes vocales qui, soudain, comme des harpes ou des feuillages sous le vent, frémissent, s'agitent, vibrent, vibrent, vibrent ou grasseyent, ou chuintent ou se froissent, ou sifflent, sifflent, mettant tout en mouvement : luette, langue, palais, dents… L'ÉLÈVE -J'ai mal aux dents. LE PROFESSEUR -…lèvres… Finalement les mots sortent par le nez, la bouche, les oreilles, les pores, entraînant avec eux tous les organes que nous avons nommés, déracinés, dans un envol puissant, majestueux, qui n'est autre que ce qu'on appelle, improprement, la voix, se modulant en chant ou se transformant en un terrible orage symphonique avec tout un cortège… des gerbes de fleurs des plus variées, d'artifices sonores : labiales, dentales, occlusives, palatales et autres, tantôt caressantes, tantôt amères ou violentes.

Evaluación de un método de amplificación isotérmica mediado por bucle para la detección rápida del virus sincicial respiratorio en niños con infección respiratoria aguda Introducción. El virus sincicial respiratorio humano (hRSV) es la causa más frecuente de infección respiratoria aguda de las vías respiratorias inferiores en niños menores de cinco años. El desarrollo de técnicas moleculares para identificarlo es uno de los retos actuales en el campo de la investigación clínica. Objetivo. Evaluar un método de amplificación isotérmica para la detección rápida del hRSV en niños con infección respiratoria aguda. Materiales y métodos. Se extrajo el ARN viral de 304 muestras de hisopado nasal en niños con síntomas de infección respiratoria aguda atendidos en el servicio de urgencias del Hospital de la Universidad del Norte en Barranquilla entre abril del 2016 y julio del 2017. Se evaluó la prueba de amplificación isotérmica mediada por bucle mediante transcriptasa inversa de la proteína de la matriz (M) (Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification, RT-LAMP) comparada con técnicas moleculares como la reacción en cadena de la polimerasa mediante transcriptasa inversa múltiple anidada (Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction, RT-PCR), la cual se empleó como la prueba estándar, la PCR en tiempo real (quantitative PCR, qPCR) y la RT-LAMP de la proteína L (L) para la detección rápida del virus sincicial respiratorio (VSR), subtipo A y subtipo B. Resultados. La prueba de RT-LAMP (M) tuvo una sensibilidad de 93,59 %, una especificidad de 92,92 % y una concordancia de 0,83 ± 0,036 comparada con la prueba de RT-PCR anidada. El índice kappa del RT-LAMP (M) fue superior, y los valores del RT-LAMP (L) y la qPCR concordaron (0,75 ± 0,043 y 0,71 ± 0,045, respectivamente). Conclusiones. Estos resultados indican que la prueba RT-LAMP (M) puede considerarse como una herramienta de utilidad clínica para detectar el hSRVA, dado que el tiempo requerido para la obtención de resultados, así como los costos, es menor, y su desempeño es mejor que el de las otras pruebas moleculares evaluadas.Palabras clave: infecciones del sistema respiratorio; virus sincitiales respiratorios; niños. Evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method for the rapid detection of human respiratory syncytial virus in children with acute respiratory infectionIntroduction: Human respiratory syncytial virus (hRSV) is the most frequent cause of acute respiratory infection of the lower respiratory tract in children under the age of five. The development of molecular techniques able to identify hRSV is one of the current challenges in the field of clinical research. Objective: To evaluate the ability of an isothermal amplification method to rapidly detect hRSV in children with acute respiratory infection. Materials and methods: We collected 304 nasopharyngeal swab samples from children with symptoms of acute respiratory infection who attended the emergency unit at Hospital de la Universidad del Norte in Barranquilla from April, 2016,...