BackgroundIn Eucalyptus genus, studies on genome composition and transposable elements (TEs) are particularly scarce. Nearly half of the recently released Eucalyptus grandis genome is composed by retrotransposons and this data provides an important opportunity to understand TE dynamics in Eucalyptus genome and transcriptome.ResultsWe characterized nine families of transcriptionally active LTR retrotransposons from Copia and Gypsy superfamilies in Eucalyptus grandis genome and we depicted genomic distribution and copy number in two Eucalyptus species. We also evaluated genomic polymorphism and transcriptional profile in three organs of five Eucalyptus species. We observed contrasting genomic and transcriptional behavior in the same family among different species. RLC_egMax_1 was the most prevalent family and RLC_egAngela_1 was the family with the lowest copy number. Most families of both superfamilies have their insertions occurring <3 million years, except one Copia family, RLC_egBianca_1. Protein theoretical models suggest different properties between Copia and Gypsy domains. IRAP and REMAP markers suggested genomic polymorphisms among Eucalyptus species. Using EST analysis and qRT-PCRs, we observed transcriptional activity in several tissues and in all evaluated species. In some families, osmotic stress increases transcript values.ConclusionOur strategy was successful in isolating transcriptionally active retrotransposons in Eucalyptus, and each family has a particular genomic and transcriptional pattern. Overall, our results show that retrotransposon activity have differentially affected genome and transcriptome among Eucalyptus species.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1186/s12870-015-0550-1) contains supplementary material, which is available to authorized users.

RESUMO:O café é uma das principais commodities agrícolas comercializados. A estreita base genética de Coffea arabica tem-se refletido em diferentes formas. Além disso, em C. arabica, o desenvolvimento de novas cultivares é demorado. A utilização de marcadores moleculares como ferramenta para análises da diversidade e seleção de genótipos representa uma importante ferramenta para tentar diminuir tempo e custo de seleção do melhoramento de espécies perenes como C. arabica. Neste trabalho foi realizada identificação e análise in silico de SSR a partir de dados de RNA-seq de C. arabica-Iapar 59 e de sequenciamento de BACs de C. arabica HDT832/2. Para Iapar 59 foram analisados 77 contigs, encontrados 39 SSR's e desenhados 21 primers. Para HDT832/2 foram analisados também 77 contigs, encontrados 35 SSR's e desenhados 29 primers. Os motivos mais frequentes foram di, tri e tetra, sendo AT o mais frequente entre os genótipos. Esta busca de sequências repetitivas é de grande importância para futura validação e aumento desses marcadores para estudos de diversidade genética.PALAVRAS-CHAVE: marcadores SSR's, análise in silico, RNA-seq, cromossomo artificial de bactéria. INTRODUÇÃOO café é uma das principais commodities agroindustriais de países em desenvolvimento e uma das mais populares bebidas não alcoólicas. Seu consumo abrange regularmente 40% da população mundial 1 , sendo o Brasil e os Estados Unidos os dois maiores consumidores. O Brasil é também o maior produtor e exportador mundial de café, e a região centro-sul de minas gerais o maior estado produtor com 52,0% na produção nacional 2 . O cultivo no Brasil é em sua maior parte de C. arabica, com cerca de 70% da produção, e o restante de C. canephora (30%) 3 . Para assegurar o poder comercial competitivo do café no país, os programas de melhoramento genético estão sempre buscando soluções para fatores bióticos e abióticos que podem prejudicar a cafeicultura, assim como investir na produção de cultivares com sabor superior e qualidade diferencial. Além disso, os mercados exigem cada vez mais esforços para o desenvolvimento de cafés de melhor de qualidade 4 .Estudos anteriores sobre a caracterização do germoplasma de C. arabica, incluindo análises usando marcadores moleculares relataram a baixa diversidade genética de C. arabica tanto de genótipos selvagens como cultivados 5 . As justificativas para a estreita base de diversidade genética incluem a recente origem da espécie, sua reprodução preferencialmente autógama, e o limitado histórico de dispersão. Além disso, o café é uma cultura perene que exige três anos de crescimento, até a plena maturidade 6 , sendo preciso pelo menos 20 anos para obter uma nova cultivar. Entretanto a utilização de ferramentas como os marcadores moleculares é uma ótima opção, pois permitem acesso à variabilidade genética do cafeeiro e a escolha precoce de características de interesse com menor custo e tempo. Dentre os marcadores moleculares atualmente disponíveis, Simple Sequence Repeats (SSR's) ou microssatélites, são sequências de DNA compo...