Устойчивость бактерий к антибиотикам является одной из самых серьезных проблем в современной медицине. Эф-фективность антимикробной терапии снижается вследствие работы бактериальных ферментов-аминогликозид-фосфотрансфераз (Aph). Гены aph аннотированы в геномах многих бактерий, в том числе комменсалов микробиоты кишечника, из геномов которых они могут попадать в геномы клинически значимых штаммов. Анализ in silico 11 ме-тагеномов кишечника здоровых людей из России показал наличие в 7 образцах микробиоты 3 генов aph из 21, вклю-ченного в каталог, составленный для исследования: aph(3'')-Ib, aph(3')-IIIa и aph(2'')-Ia. Наиболее распространенным оказался ген aph(3')-IIIa, найденный в 6 исследованных метагеномах. Важно, что этот ген впервые был обнаружен у Enterococcus faecalis, но в данной работе он был идентифицирован в генетическом окружении, характерном для ком-менсальной бактерии Ruminococcus obeum и условно-патогенных бактерий Enterococcus faecium, Roseburia hominis, Streptococcus pyogenes и Staphylococcus epidermidis. То же наблюдали для гена aph(2'')-Ia: он был обнаружен для Clostridium difficile, а не для E. faecalis. Полученные результаты согласуются с литературными данными, указывающи-ми на значимое влияние географического происхождения людей на распространенность aph-генов. Также, учитывая данные исследования, представляется обоснованным при клиническом обследовании пациентов с инфекционными заболеваниями и назначении антибиотиков для их лечения анализировать антибиотикорезистентность не только бак-терии-возбудителя, но и микробиоты пациента. Ключевые слова: устойчивость к антибиотикам, антибиотикорезистентность, аминогликозидфосфотрансферазы, Aph, клинические штаммы бактерий, микробиом, микробиота, кишечник человека Для корреспонденции: Даниленко Валерий Николаевич ул. Губкина, д. 3, г. Москва, 119991; valerid@vigg.ru 1 Лаборатория генетики микроорганизмов, отдел генетических основ биотехнологии, Институт общей генетики имени Н. И. Вавилова РАН, Москва 2 Факультет биологической и медицинской физики, Московский физико-технический институт (государственный университет), Долгопрудный 3 Научно-исследовательский центр биотехнологии антибиотиков «БИОАН», Москва Статья получена: 29.03.2017 Статья принята к печати: 07.04.2017 Благодарности: авторы благодарят профессора Сергея Сидоренко из Северо-Западного государственного медицинского университета имени И. И. Мечникова за обсуждение Antibiotic resistance is one of the biggest threats to modern medicine. Response to antimicrobial treatment is seriously disrupted by aminoglycoside phosphotransferases (Aph)-enzymes produced by bacteria. The aph genes were annotated in many bacterial species, including commensals of the gut microbiota that can transfer these genes to clinically important strains. For this study we prepared a catalog of 21 aph genes. The in silico analysis of 11 intestinal microbiomes of healthy Russians revealed the presence of 3 cataloged aph genes in 7 microbiota samples, namely aph(3'')-Ib, aph(3')-IIIa and aph(2'')-Ia. The most frequent was the a...
