Introducción: en el estudio de la baja talla de origen digestivo en niños no hay un patrón de paraclínicos preestablecido; sin embargo, la endoscopia de vías digestivas puede ser una herramienta útil para tal fin. Objetivo: reportar una serie de casos de niños con diagnóstico de baja talla a quienes se les indicó una endoscopia de vías digestivas altas como parte de su estudio. Reporte de casos: se incluyeron 15 niños entre los 2 y 16 años de edad, 53,3 % niñas, 26,7 % desnutridos según el índice de masa corporal y la talla para la edad, 66,7% con baja talla grave y 33,3% con baja talla moderada. El 53,3 % presentó dolor abdominal, el 46,7 % no tuvo ganancia de peso, el 26,7 % tuvo inapetencia y el 13,3 % tuvo vómito, entre otros. Entre el 40,0 % y el 93,4 % presentaron macro- o microscópicamente esofagitis, gastritis y duodenitis. Los hallazgos microscópicos más importantes fueron duodenitis crónica con giardiasis, úlceras duodenales, hiperplasia nodular linfoide duodenal, Helicobacter pylori y duodenitis crónica eosinofílica. Conclusiones: a pesar de que la endoscopia de vías digestivas es un método poco utilizado y no bien descrito en el estudio de niños con baja talla, este reporte de casos describe organicidad en un 80,0 % de los niños analizados.