Introdução: A sífilis congênita, embora seja um agravo possível de ser prevenido, ainda é considerada um grave problema de saúde pública. Objetivo: Analisar a conclusão e as vulnerabilidades dos casos de sífilis congênita residentes em Niterói (RJ) diagnosticados em 2018 e 2019. Métodos: Realizou-se análise dos casos de sífilis congênita residentes, exceto abortos, diagnosticados em 2018 e 2019, por fichas do Sistema de Informação de Agravos de Notificação e questionários de investigação. Resultados: Dos 46 casos de 2018 e 107 de 2019, respectivamente, 8 (17,4%) e 4 (4%) não fizeram pré-natal, 2 (4,4%) e 4 (4%) não fizeram triagem para sífilis congênita no pré-natal, 3 (6,52%) e 13 (12%) fizeram triagem porém não trataram, outros 11 (23,9%) e 17 (16%) não fizeram o tratamento adequado, 10 (21,7%) e 23 (21%) foram reagentes na triagem, tratamento adequado, porém reinfectaram, 9 (19,6%) e 32 (30%) foram reagentes na triagem, tratamento adequado, porém confirmaram sífilis congênita por outros critérios, 3 (6,52%) e 12 (11%) foram não reagentes no pré-natal porém foram reagentes no parto e 0 (0%) e 2 (2%) foram reagentes, considerados cicatriz sorológica, não tratada, e confirmaram por outros critérios. As principais vulnerabilidades identificadas foram família de baixa renda, 21 casos (45,7%) em 2018 e 50 casos (46,7%) em 2019, usuária de álcool e/ou outras drogas, 18 (39,1%) em 2018 e 34 (31,8%) em 2019. Conclusão: Investigar os casos de sífilis congênita com a atenção básica leva a identificar os casos que se referem a crianças expostas à sífilis materna e aos que de fato possuem critérios para sífilis congênita. A investigação dos casos de sífilis congênita é fundamental para qualificação da vigilância, aprimorando dados e apontando ações de educação permanente relacionadas à clínica e à avaliação das vulnerabilidades para pensar em estratégias intra e intersetoriais.