Os ecossistemas de mar profundo representam cerca de 65% da superfície do planeta e desempenham um papel importante na produção de biomassa e nos ciclos biogeoquímicos em uma escala global. Estes processos são amplamente mediados por procariotos bentônicos, os quais utilizam detritos orgânicos para a produção de biomassa e respiração. Por este motivo, os sedimentos marinhos se configuram como importante matriz biológica e tem grande relevância na ecologia do sistema de mar profundo. No tempo geológico, eventos que ocorrem neste compartimento, como a degradação de matéria orgânica, afetam profundamente a composição química do oceano e da atmosfera. Devido à sua importância e complexidade, o sistema de mar profundo e a sua microbiota associada têm sido objeto de inúmeros estudos ao longo dos últimos 50 anos, especialmente na última década. Os parâmetros mais comumente analisados nos sedimentos são abundância bacteriana, biomassa e atividade metabólica. Diversas metodologias podem ser utilizadas na análise da atividade microbiana em sedimentos, entre elas a incorporação de aminoácidos marcados com 14 C ou ³H e a medida da respiração bacteriana. A análise de biomassa frequentemente exige a determinação prévia da abundância bacteriana, tornando imprescindível que a quantificação da microbiota do sedimento seja realizada de forma correta. A separação das células das partículas de sedimento e sua apropriada desagregação são necessárias para aplicações de microscopia de epifluorescência e para a análise por citometria em fluxo. O uso otimizado das técnicas de extração e análise e sua avaliação de modo combinado com outros parâmetros microbianos possibilitará um maior entendimento do papel desenvolvido pelos organismos procariotos nos oceanos do mundo. Palavras-chave: Bactérias de mar profundo; abundância; biomassa; matéria orgânica; métodos de extração de bactérias. ABSTRACT ANALYSIS OF BACTERIAL ABUNDANCE IN THE STUDY OF MICROBIAL ECOLOGY OF MARINE SEDIMENTS. Deep-sea ecosystems cover about 65% of the Earth's surface and play an important part in biomass production and biogeochemical cycles on a global scale. These processes are largely mediated by benthic prokaryotes which use organic detritus for biomass production and respiration. Therefore marine sediments are configured as important biological matrix and play a prominent role in the ecology of the system of the deep sea. Events that occur in this compartment as organic matter degradation profoundly affect the chemical composition of the ocean and atmosphere in geological time. Due to its importance and complexity, the system of deep sea and its associated microorganisms have been the object of numerous studies in the last 50 years, especially in the last decade. Bacterial abundance, biomass and metabolic activity are the parameters most commonly measured in the sediments. Several methodologies can be used in microbial activity analysis of sediments, including the amino acids labeled with 14 C or ³H incorporation and the measurement of bacterial respiration. The bio...