Estudiar macroinvertebrados acuáticos es útil para la estimación de la integridad de un ecosistema, debido a su capacidad de reflejar el efecto de una gran variedad de contaminantes. La investigación se realizó para evaluar la diversidad de macroinvertebrados acuáticos, presentes en dos ecosistemas lóticos del municipio de El Doncello, Caquetá, entre agosto de 2019 y marzo de 2020, comprendiendo periodos de aguas altas, transición y aguas bajas. Se establecieron tres estaciones de muestreo en el río Doncello y la quebrada Anayá del mismo municipio. Las colectas se realizaron con una red tipo D, empleando el método de muestreo intensivo en los diferentes microhábitats encontrados. La información se analizó con los paquetes estadísticos past y EstimateS para índices de diversidad y representatividad del muestreo, respectivamente. Se identificaron 95 géneros, 56 familias y 15 órdenes. Chironomidae (Diptera) fue la familia más abundante, seguida por Philopotamidae (Trichoptera) y Leptophlebiidae (Ephemeroptera). Los índices bióticos de calidad BMWP, ASPT y EPT permitieron evidenciar la influencia de la contaminación por residuos orgánicos de origen doméstico y la capacidad de autodepuración del agua de la quebrada Anayá. La comunidad de macroinvertebrados reportados responde a las perturbaciones antrópicas en los ecosistemas estudiados; las estaciones menos intervenidas presentaron la mayor riqueza, mientras que las más afectadas presentaron baja diversidad y alta dominancia.