La cuenca del río Ayuquila-Armería se encuentra dentro de la clasificación de cuencas prioritarias de México, dada su alta diversidad y por su alto grado de alteración de la dinámica funcional y los niveles de presión social que presenta, por ende, es necesario realizar un análisis de la calidad del agua dentro de la cuenca. El objetivo fue evaluar la contaminación orgánica, realizando dos campañas de muestreo en la temporada lluviosa (2015) y seca (2016), en 18 sitios de la cuenca. Se implemento el análisis integral de variables físicoquímicas y biológicas. El 90 % de los sitios presento eutrofización dadas las concentraciones de PTotal, el 77 % superó el límite permisible para las concentraciones de NTotal; el IIB evidencio que el 19 % de los sitios presenta un alto grado de contaminación orgánica; en la temporada lluviosa se encontraron las mayores concentraciones de UFC (18 a 190 UFC/mL) y un 50 % de los sitios superó el límite permisible (10 UFC/mL). La influencia de los afluentes tributarios al cauce principal aumenta drásticamente en la temporada de lluvias, este incrementa los caudales y empobrece la calidad del agua superficial por el arrastre de contaminantes desde las zonas rurales y urbanas