Introducción: el objetivo de esta investigación fue determinar la prevalencia y la concordancia en el reporte de condiciones sistémicas entre la historia clínica odontológica (hc) y la entrevista telefónica (et), en los pacientes que asisten a dos clínicas del adulto de la Facultad de Odontología de la Universidad de Antioquia. Métodos: estudio transversal (n = 104). Se evaluaron las hc y se registraron las diez condiciones sistémicas más frecuentes según registros epidemiológicos de Medellín. Se realizó et para verificar información de las hc. Se calcularon prevalencias y el nivel de concordancia entre resultados de la hc y la et mediante el índice kappa y su intervalo de confianza al 95% (ic95%), según variables. Resultados: la condición sistémica más prevalente fue la enfermedad ocular (58% según et y 30% según hc y diferencias significativas p < 0,001), y la menos prevalente fue el hipertiroidismo (3% según hc y 5% según et, sin diferencias significativas). El análisis kappa mostró que las concordancias más débiles se presentaron para el hipertiroidismo (0,22; ic95%-0,38-0,82) y la enfermedad ocular (0,37; ic95% 0,20-0,72). Se evidenciaron variaciones en los índices de concordancia de acuerdo con sexo, clínica y edad. Conclusiones: existen variaciones en las prevalencias reportadas por hc y por et debidas a dificultades a la hora de diligenciar los antecedentes médicos personales, que produjeron un subregistro en la hc.