Se estima la prevalencia por Trypanosoma cruzi de 436.000 habitantes en Colombia, con casos anuales de 5.250, en población expuesta de 4.792.000 habitantes. La variabilidad de la frecuencia cardiaca (VFC) es la variabilidad en el tiempo, de un latido cardiaco, medido en un análisis de periodo temporal determinado. Su análisis permite determinar el equilibrio simpático-vagal de manera indirecta. Este estudio analizó las variables temporales y No lineales, en 19 pacientes Chagásicos y 19 controles, utilizándose un polígrafo de alta resolución y el software Kubios. La variable Desviación Estandar del Intervalo RR (SDRR) en la población control arrojó un promedio de 56,23±29,6ms vs 40,62±30,1ms, en los seropositivos; La Raíz Cuadrada del Promedio de la Suma de las Diferencias al Cuadrado de todos los intervalos Adyacentes (RMSSD) fue de 34,31±21,01ms y 31,94±37,33ms, para controles y Chagas, respectivamente. El número de los intervalos RR consecutivos, que difieren en más de 50ms entre sí (NN50), en controles 76,47±78,3 latidos vs 13,47±36,8 para seropositivos, que correspondió con el porcentaje de NN50 (pNN50) 12,3±13,3% y 2,64±6,0%, respectivamente, para el mismo orden de los grupos. Valores de Entropía Aproximada (ApEn) fueron 1,249±0,134, para controles y 0,959±0,325, para seropositivos y para la Entropía Muestral (SampEn) fue de 1,358±0,264 y 1,102±0,385, para controles y chagásicos, respectivamente. Se encontró mayor irregularidad de HRV en controles, que es reflejo de un mejor estado de salud.