Introducción. Las enfermedades infecciosas son una causa importante de muertes en el mundo. La resistencia antimicrobiana es un problema global, por lo que es conveniente la investigación de nuevas fuentes de agentes antimicrobianos de origen natural potencialmente efectivos.Objetivo. Evaluar la actividad antimicrobiana de hongos endófitos de Mammea americana y Moringa oleifera en la cepa sensible (ATCC 29213) y en la cepa resistente (USb003) de Staphylococcus aureus, así como en la cepa sensible (ATCC 25922) y la cepa resistente (USb007) de Escherichia coli.Materiales y métodos. Se aislaron 14 hongos endófitos de las hojas, semillas y tallos de las dos plantas en estudio. Se evaluó su actividad antimicrobiana mediante la formación de halos de sensibilidad por ensayo dual in vitro y pruebas con extractos etanólicos crudos provenientes de los endófitos a los que se les evaluó la concentración mínima inhibitoria (CMI), la concentración bactericida mínima (CBM) y la citotoxicidad.Resultados. Tres extractos etanólicos de Penicillium sp., Cladosporium sp. (001) y Cladosporium sp. (002) presentaron mayores halos de inhibición en cepas sensibles y resistentes de E. coli y S. aureus. La CMI y la CBM halladas fueron estadísticamente significativas (p≤0,05), comparadas con el control de gentamicina. Las pruebas de citotoxicidad (concentración citotóxica, CC50>1.000) demostraron que los hongos endófitos poseen características bactericidas y no ocasionan daño alguno.Conclusión. Se halló una fuente de metabolitos secundarios activos con propiedades antimicrobianas y no tóxicas en los hongos endófitos de M. oleifera y M. americana; estos hallazgos son importantes para continuar con la identificación química de los compuestos y el estudio de sus mecanismos de acción en estas plantas en las que el aislamiento de endófitos ha sido escaso.