Resumen Objetivo: determinar la asociación entre factores sociodemográficos, exposición a teratógenos y enfermedad materna, con la presencia de malformaciones congénitas en un centro de tercer nivel de la región centro occidental de Colombia durante el año 2013. Método: se realizó un estudio analítico tipo casos y controles. Se analizaron variables maternas y del recién nacido, las cuales se presentaron como frecuencias y proporciones y se evaluaron usando las pruebas de Chi2 (x2) y exacta de Fisher. Para determinar la asociación entre cada variable se calculó  el Odds Ratio (OR) crudo, y Odds Ratio (ORa) ajustado para las variables que presentaron una diferencia estadísticamente significativa. Resultados: las variables sociodemográficas edad y ocupación materna, mostraron ser un riesgo para desarrollar malformaciones congénitas (OR=5.75a (IC95% (1.78-18.48) y OR=2.01c(1.11-3.64) respectivamente. Además en la historia obstétrica se encontró mayor riesgo al tener ganancia de peso mayor al ideal con OR=2.8a (1.2-6.4) y una ganancia de peso menor a lo ideal OR=2.3a (1.1-5.12) y como factores protectores ser hijo del mismo padre y concebir fácil OR=0.37C  (0.16-0.82) y OR=0.22a (0.07-0.68), Conclusión: la edad mayor de 35 años, trabajar fuera y una ganancia de peso mayor a lo ideal, son factores de riesgo para desarrollar malformaciones congénitas.