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Se realizó la valoración de la calidad ecológica del agua en la microcuenca El Chido e intermicrocuenca Allpachaca-Lindapa, mediante el establecimiento de 12 estaciones de muestreo en la microcuenca Chido, tres en la quebrada Allpachaca y dos en la quebrada Lindapa. Se emplearon índices biológicos tales como el Índice Biótico Andino (ABI) y el Índice Biological Monitoring Working Party modificado para Colombia (BMWP/Col), e índices de entorno como el Índice de Hábitat Fluvial (IHF) y el Índice de Calidad de Bosque de Ribera Andino (QBR-And).Los resultados de la evaluación determinaron que la calidad ecológica de la quebrada El Chido y la quebrada Allpachaca es buena, mientras que en la quebrada Lindapa disminuye a la categoría de regular. La calidad biológica determinó que las fuentes de agua en las tres quebradas son buenas o muy buenas, encontrándose en la microcuenca El Chido un total de 10 539 individuos representados en 45 familias y 10 órdenes, 969 individuos en la quebrada Allpachaca representados en 26 familias y 9 órdenes, y 851 individuos distribuidos en 25 familias y 7 órdenes en la quebrada Lindapa.

Este estudio hace una evaluación de la calidad ecológica del agua de las microcuencas de Chinata y Gocta, desde las nacientes en los pajonales de la parte alta hasta su vertimiento en el río Uctubamba. En la microcuenca de Chinata se establecieron diez estaciones de muestreo y en la microcuenca de Gocta ocho. Para la evaluación se emplearon los índices biológicos: Índice de Calidad de Bosque de Ribera Andino (QBR – And), Índice Biótico Andino (ABI), Índice de Habitat Fluvial (IHF) e Índice Biological Monitoring Working Party modificado para Colombia (BMWP - Col), que se aplicaron sin ninguna modificación, al poseer los cursos de agua a evaluar características hidromorfológicas propias de cuencas altoandinas. Se determinó que ambas microcuencas tienen agua de calidad buena y aceptable en las zonas media y alta, y conforme se acerca a la parte baja esta calidad va disminuyendo debido a un aumento en la presión antrópica.