Introducción: Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son una prioridad en salud pública, por su alta prevalencia, impacto en la calidad de vida y repercusiones económicas. Actualmente, no existen publicaciones que analicen la concordancia diagnóstica de las ITS entre el nivel primario y el nivel secundario de atención.Objetivo: Analizar la concordancia diagnóstica entre profesionales de atención primaria de salud (APS) y especialistas en el diagnóstico de las ITS.Metodología: Se analizaron retrospectivamente las fichas de 627 pacientes derivados desde APS de la zona norte de Santiago a la UNACESS (Unidad de Atención y Control en Salud Sexual) del Hospital San José entre enero de 2015 y enero de 2016, según diagnóstico de referencia y contrarreferencia. Además, se analizó: el profesional derivador, sexo, edad y nacionalidad del paciente. El grado de concordancia diagnóstica se determinó mediante el coeficiente kappa de Cohen.Resultados: El 74% de las interconsultas desde APS fueron emitidas por matronas y el 26% por médicos. Los diagnósticos de referencia más prevalentes fueron: Condiloma acuminado (64.43%), molusco contagioso (8.13%), sífilis (7.34%), uretritis (7.02%) y herpes genital (3.67%). Los diagnósticos de contrarreferencia más prevalentes fueron: Condiloma acuminado (51.20%), sífilis (10.85%), molusco contagioso (10.37%), uretritis (6.86%) y herpes genital (3.51%). La concordancia diagnóstica global del estudio fue moderada (54%). Los médicos de APS lograron una concordancia sustancial (62%) y las matronas una concordancia moderada (49.19%) respecto a los diagnósticos realizados por el especialista.Conclusión: De los resultados, podemos concluir que existe una concordancia diagnóstica moderada entre los profesionales APS y los médicos especialistas. Es fundamental reforzar la formación en ITS y elaborar estrategias de capacitación dirigido a médicos generales y matronas de APS.