Introdução: A dor lombar crônica inespecífica (DLCI) é uma sintomatologia dolorosa comum na região inferior da coluna por período superior a doze semanas, podendo ser acompanhada de sintomas neurológicos em membros inferiores. A DLCI apresenta alta prevalência mundial, pode conduzir a limitações de função e o tratamento enfatiza terapias ativas, tais como exercícios de Pilates. Objetivo: Avaliar o efeito de exercícios de Pilates na percepção dolorosa, qualidade de vida, incapacidade funcional e cinesiofobia de indivíduos com DLCI, classificados com baixo e médio riscos de mau prognóstico conforme a versão brasileira do Start Back Screening Tool (SBST-Brasil). Métodos: Ensaio clínico randomizado controlado com 59 pacientes diagnosticados clinicamente com DLCI, divididos em dois grupos: Controle (GC) e Pilates (GP). Durante 12 semanas, o GC recebeu intervenção medicamentosa enquanto o GP foi submetido a um protocolo de exercícios do método Pilates duas vezes na semana. Resultados: O treinamento com Pilates reduziu dor e cinesiofobia em ambos os subgrupos com SBST-Brasil Baixo e Médio. Contrariamente aos participantes de médio risco de mau prognóstico do GC, o GP com médio risco apresentou melhora significativa (P<0,05) da capacidade funcional. A intervenção farmacológica se mostrou eficiente (P<0,05) na redução da catastrofização da dor e cinesiofobia no GC classificados com médio risco de mau prognóstico. Conclusão: A estratificação em baixo e médio riscos para mau prognóstico de incapacidade têm respostas positivas ao tratamento baseado em exercícios do método Pilates, considerando a redução da intensidade dolorosa e da limitação funcional.