Objetivo. Describir la microbiota que se encuentra en la cavidad bucal de caninos en condición de abandono de la Fundación Razas Únicas en el municipio de Chía – Cundinamarca. Métodos. Para el estudio se tomaron 29 muestras orales con escobillón a 23 caninos de la Fundación Razas Únicas del municipio de Chía – Cundinamarca. 23 muestras se recolectaron para identificación de bacterias aerobias y anaerobias facultativas,  las cuales se transportaron en medio líquido tripticasa soya y 6 muestras para recuperación de bacterias anaerobias estrictas transportadas en medio VMGA-III. El aislamiento de los microorganismos se realizó en medios selectivos y la identificación con el sistema BD BBL™Crystal™. Resultados. De las 29 muestras analizadas se aislaron 59 bacterias, entre ellas 15 géneros y 15 especies diferentes como; Escherichia coli, Proteus mirabilis, Citrobacter freundii, Enterobacter sakazakii, Enterobacter cloacae, Enterococcus durans, Enterococcus faecalis, Eikenella corrodens, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium spp y Capnocytophaga spp. De acuerdo con la revisión de la literatura, las bacterias anaerobias encontradas están principalmente relacionadas con enfermedad periodontal y las enterobacterias con contaminación oro-fecal.