RESUMOO diagnóstico e o tratamento precoces do hipotiroidismo congênito (HC) constituem os principais objetivos dos programas de triagem neonatal. Neste estudo avaliou-se o perfil hormonal e os possíveis fatores responsáveis pelo HC transitório (HCT). Os dados foram colhidos dos prontuários das crianças acompanhadas no Hospital das Clínicas da UFMG, triadas pelo Programa Estadual de Triagem Neonatal de Minas Gerais. Para o diagnóstico de HCT considerou-se: exames de triagem e sérico confirmatório alterados; TSH e T4 livre normais em 4 e 8 semanas após suspensão do tratamento hormonal para avaliação etiológica. As 21 crianças com HCT representavam 4,23% das crianças acompanhadas pelo Programa e receberam tratamento com L-tiroxina por um mês a três anos. Os valores de TSH no primeiro exame sérico variaram de 10,4 a 583,4µUI/ml, não se correlacionando, portanto, à gravidade da doença. Possivelmente a presença de anticorpos maternos em duas crianças, anti-TPO (anticorpo anti-tireoperoxidase) em uma e o anticorpo anti-receptor de TSH associado à exposição ao iodo em outra foram responsáveis pelo hipotiroidismo. Concluímos que o HCT é uma entidade importante na triagem neonatal, sendo essencial o tratamento hormonal nos primeiros meses de vida e que os níveis iniciais de TSH não são úteis para definir se a disfunção tiroidiana será transitória ou permanente. Early diagnosis and treatment of congenital hypothyroidism are the main goals of the neonatal screening programs. A retrospective analysis was carried out to assess the characteristics and etiologies of congenital transient hypothyroidism (CTH) in the Newborn Screening Program of the State of Minas Gerais, Brazil. To reach a diagnosis of CTH, altered screening and serum confirmatory T4 and TSH tests and normal serum free T4 and TSH at 4 and 8 weeks after the withdrawal of levothyroxine were used. We studied 21 children with CTH who represented 4.23% of the whole group with detected hypothyroidism and followed them up in the Screening Program. These patients received LT4 therapy for a variable period of one month to three years. Serum confirmatory TSH levels varied from 10.4 to 583.4µUI/mL. Maternal antibodies, TRAB and anti-TPO, were associated to CTH in two children and iodine overload in one of them. We concluded that CTH is an important component in neonatal screening and hormonal treatment during the first months of the life is essential. The TSH initial levels are not relevant to determine whether the thyroid dysfunction is transient or permanent.