La regulación de los “ambientes escolares” y la “convivencia escolar” se ha transformado en un desafío para las instituciones escolares. No obstante, existen escasas evidencias empíricas que exploren las implicancias de este fenómeno en la educación católica. En Chile, el 15% de la población estudiantil aprende a convivir en este tipo de establecimientos. La investigación sobre la temática muestra que es un desafío para la educación católica su identidad institucional en el marco de una sociedad secularizada e inclusiva. Esta investigación cualitativa parte de un estudio de casos típicos que indagan los desafíos que se perciben en la gestión de la convivencia democrática en una institución católica de Chile. Los resultados muestran tensiones en el proyecto educativo institucional en el marco de una iglesia cuestionada socialmente y una apuesta valorativa entre la disciplina y lo pastoral. Los estudiantes resisten la inculcación de la identidad institucional en el deseo de mayores espacios de escucha y participación sobre la fe y la Iglesia. Estos resultados discuten las oportunidades que surgen para la gestión de la convivencia escolar desde una identidad institucional basada en valores confesionales católicos.