O presente estudo buscou identificar se 23 setores da indústria de transformação que investiram em atividades de inovação foram eficientes em 2003 e 2005, por meio da análise envoltória de dados, principalmente pelo modelo de retornos variáveis à escala. Verificou-se que o nível de eficiência reduziu-se consideravelmente ao longo dos anos, com o escore médio passando de 0,82 para 0,68 entre 2003 e 2005, além de, neste último ano, ter ocorrido uma mudança em relação às unidades eficientes. Os únicos setores eficientes nos dois anos foram os ligados à produção de derivados do petróleo, de metais não ferrosos e de automóveis em geral. Conclui-se, afinal, que a manutenção dos níveis de lucratividade em função dos gastos com inovação dos setores da indústria de transformação nacional depende de uma maior eficiência no uso destes recursos, com o intuito de alcançar ou, se possível, ultrapassar os padrões tecnológicos internacionais.