Introducción: la comorbilidad es la presencia de enfermedades coexistentes o adicionales en relación al diagnóstico inicial o enfermedad guía. Es más frecuente en ancianos y contribuye a la aparición de eventos adversos de salud como mayor duración de la internación y mortalidad hospitalaria. Objetivo: determinar el efecto de las comorbilidades en la duración de la internación y en la mortalidad intrahospitalaria de los pacientes ingresados en el Servicio de Clínica Médica del Hospital Nacional (Itauguá, Paraguay) y del Hospital Militar Central (Asunción, Paraguay) entre marzo y julio del 2019. Materiales y métodos: se aplicó diseño de cohortes prospectivas en base al índice de comorbilidad de Charlson con punto de corte en 3 puntos. Ingresaron al estudio todos los varones y mujeres, mayores de 16 años, ingresados al Servicio de Clínica Médica del Hospital Nacional (Itauguá, Paraguay) y del Hospital Militar Central (Asunción, Paraguay) entre marzo y julio 2019. Se aplicó muestreo no probabilístico de casos consecutivos. Se midieron dos variables dependientes: duración de la hospitalización y mortalidad intrahospitalaria. Se calculó RR (IC 95%) y se consideró significativa toda p<0,05. El estudio respetó las normas éticas. Resultados: se incluyeron 543 sujetos, con predominio del sexo masculino (56%). La edad media fue 52±20 años. La mediana del índice de Charlson fue 2 puntos. No se detectó asociación estadísticamente significativa entre la severidad de este índice y la duración de la internación pero la mortalidad intrahospitalaria fue mayor con índice de Charlson ≥4: 6,5% vs 14,5% (p 0,005). Conclusiones: la mediana del índice de Charlson en dos Servicios de Clínica Médica fue 2. Se halló asociación estadísticamente significativa entre este índice y la mortalidad hospitalaria.