Objetivo: Determinar las especies de peces en cuatro hábitats estuarinos (arracachal, eneal, manglar y áreas sin vegetación) en el delta del río Atrato. Metodología: Se colectaron peces entre noviembre de 2012 y julio de 2013 con redes de enmalle y atarraya. Resultados: Se capturaron 1262 individuos pertenecientes a 52 especies distribuidas en 27 familias y 11 órdenes; 3 especies fueron marinas rezagadas, 21 marinas migrantes, 7 estuarinas, 1 semianádroma, 4 migrantes de agua dulce y 16 rezagadas de agua dulce. Conclusiones: Aunque no se encontraron diferencias significativas en la abundancia ni en la riqueza de peces entre los hábitats estuarinos, la composición de especies fue diferente y estuvo asociada principalmente a la salinidad.