El presente artículo revisa comparativamente el papel de las políticas públicas en la situación de los pueblos indígenas en aislamiento en dos países, Brasil y Perú. Presenta los grandes paradigmas que han dominado las políticas nacionales sobre los pueblos indígenas en la Amazonia, la asimilación (o integración) y la autonomía, analizando cómo han afectado la situación de los pueblos en aislamiento en el pasado y cómo lo hacen hoy en día. Como estudio de caso, desarrollamos el de los indígenas mashco piro del río Alto Madre de Dios (Madre de Dios, Perú), que pone de relieve la complejidad de la aplicación de las políticas en el terreno, en un contexto de crecientes amenazas para los territorios amazónicos. Finalmente, exploramos las problemáticas relaciones entre las políticas relativas a los indígenas en aislamiento con aquellas relacionadas a la economía y el uso del territorio, las cuales se encuentran estrechamente ligadas en la región amazónica.