Introducción. Las infecciones del árbol biliar surgen principalmente por estasis asociada a colecistitis aguda, coledocolitiasis y colecistitis alitiásica, siendo pilar del tratamiento un drenaje apropiado y un régimen antibiótico eficaz. El objetivo de esta investigación fue caracterizar la flora bacteriana de los cultivos de bilis. Métodos. Se realizó un estudio observacional, descriptivo, de corte transversal y retrospectivo de pacientes llevados a colecistectomía, colangiopancreatografía retrograda endoscópica y colecistostomía en nuestra institución, a quienes se les tomó cultivo de líquido biliar entre 2017 - 2021. Resultados. Se incluyeron 119 pacientes intervenidos, de los cuales 55,4 % fueron mujeres y el promedio de edad fue de 63,1 (± 16). La clasificación Tokio 2 fue la más frecuente (55,4 %). El germen aislado con mayor frecuencia fue E. coli (51,2 %). El antibiótico más usado fue ampicilina más sulbactam (44,6 %) seguido de piperacilina tazobactam (40,3 %). Conclusión. La Escherichia coli es el germen aislado con mayor frecuencia en infecciones del árbol biliar. No hay claridad con respecto al uso de antimicrobianos de manera profiláctica en esta patología, por esto es conveniente generar protocolos para la toma de muestras y cultivos de bilis en esta población, con el fin de establecer la necesidad del uso de antibióticos y conocer los perfiles de resistencia bacteriana.