Introducción: El embalse Cerrón Grande de 135 km2 es el humedal más grande de El Salvador, reconocido como “Humedal de Importancia Internacional” por la Convención Ramsar. Además, es uno de los ecosistemas más contaminados a nivel nacional, enfrentando serios problemas, entre ellos, las proliferaciones de cianobacterias. Objetivo: Evaluar las relaciones entre los factores ambientales y la distribución espacial y temporal de las cianobacterias en el embalse a lo largo de un año hidrológico. Métodos: Extrajimos agua con cianobacterias de seis sitios fijos, desde octubre 2018 hasta septiembre 2019. Resultados: Identificamos 16 géneros, el más abundante Microcystis sp. Además, Dolichospermum sp.; Microcistis sp. alcanzaron 1.5 x 106 células/ml en junio 2019, principalmente en el sector noroeste, que es poco profundo y cercano a las zonas de confluencia de afluentes altamente contaminados que llegan al embalse. El sector sureste más profundo tenía bajas concentraciones de estos organismos. Los factores ambientales mayormente relacionados con dicho comportamiento fueron: fósforo, la conductividad eléctrica y el valor de Secchi, como se esperaba de un cuerpo eutrófico. Conclusiones: La variación en la concentración celular de cianobacterias en este embalse está altamente influenciada por la lluvia, la mezcla de agua y el contenido de nutrientes.