Se requiere resignificar la enseñanza desde la implementación de estrategias innovadoras para el desarrollo del pensamiento científico en los estudiantes de primaria. Desde este referente el objetivo del artículo es describir las transformaciones en las prácticas de aula a partir de la implementación del marco de la enseñanza para la comprensión, en el desarrollo de las competencias de indagación y explicación de fenómenos en estudiantes de primero y quinto de educación básica primaria. El estudio es de enfoque cualitativo con alcance descriptivo y con el diseño de la Investigación Acción Pedagógica. Se logró documentar los cambios en la enseñanza ocurridos con la planeación e implementación de unidades didácticas para el fortalecimiento de la indagación y la explicación de fenómenos. Como conclusión destaca que las dinámicas de aula influyen directamente en el aprendizaje, al incorporar nuevas estrategias pedagógicas los estudiantes son protagonistas del conocimiento al investigar su mundo circundante.