Contribución de los autores:Todos los autores participaron en la recolección de los datos, el análisis, el diseño y la redacción del artículo. Introducción. Los defectos congénitos son alteraciones morfológicas que pueden ser diagnosticadas antes, durante o después del nacimiento. Se han implementado diversos sistemas de vigilancia en hospitales de referencia, principalmente en aquellos de alta complejidad. Objetivo. Comparar la prevalencia de los defectos congénitos en dos hospitales de diferente nivel de complejidad de la ciudad de Cali. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo basado en la metodología del Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas, durante 20 meses en un hospital de mediana complejidad y en otro de alta complejidad. Resultados. Durante el periodo de estudio se atendieron 7.140 nacimientos, en 225 de los cuales se presentó al menos un defecto congénito, con una prevalencia del 1,7 % (IC 95% 1,3-2,0) en el hospital de mediana complejidad y de 7,4 % (IC 95% 6,2-8,7) en el de alta complejidad. En el primero, las frecuencias más altas correspondieron a polidactilia (15 %), apéndice preauricular (8 %) y pie equino varo (7 %), mientras que en el segundo, correspondieron a comunicación interventricular (10 %), hidronefrosis congénita (7 %) y defectos de la pared abdominal (6 %). Conclusiones. La prevalencia de los defectos congénitos varió de un hospital a otro, dependiendo de su nivel de complejidad, y del tipo y la seriedad de los defectos. La vigilancia epidemiológica en los diferentes niveles de atención es una herramienta útil para estimar acertadamente la prevalencia en la ciudad, además de constituir una buena base para la planificación y orientación de los recursos. Introduction: Birth defects are morphologic alterations diagnosed pre-, natal or postnatally. Surveillance systems have been used to estimate the prevalence in high complexity care centers; however, the variation of the prevalence among different complexity care centers remains unknown. Objective: To compare the prevalence of birth defects among two different complexity care centers in Cali, Colombia. Materials and methods: A descriptive hospital-based study following the methodology of the Latin American Collaborative Study of Congenital Malformations was conducted during 20 months in a medium complexity hospital and a high complexity hospital. Results: During the study period, 7,140 births were attended of which 225 had at least one birth defect. The prevalence of these was of 1.7% (IC95% 1.3-2.0) and 7.4% (IC95% 6.2-8.7) for the medium complexity hospital and the high complexity hospital, respectively. The highest frequencies for the high complexity care center were: ventricular septal defect, 10%; congenital hydronephrosis, 7%; abdominal wall defects, 6%, and hydrocephalus, 5%, while for the medium complexity were: polydactyly, 15%; preauricular skin tags, 8%; congenital talipes equino varus, 7%, and hemangioma, 6%. Conclusions: The prevalence of birth defects among different complexi...