Après quatre années d’observations préliminaires (1992 à 1995), l’analyse du polymorphisme génétique des caséines du lait des chèvres des Pyrénées a été réalisée en 1996, grâce aux prélèvements de lait et de sang effectués dans 45 élevages, sur un effectif de 410 à 862 chèvres et 63 boucs. L’analyse concerne trois des quatre caséines : αS1, αS2 et β. En caséine αS1, l’allèle moyen E est majoritaire, devant les allèles forts (A, B3 et B4), l’allèle faible F et deux allèles nuls, dont l’allèle O2 bien représenté chez les chèvres et les boucs et dont le centre de diffusion peut être localisé. La caséine αS2 compte trois allèles. La caséine β présente deux allèles, dont un allèle nul observé dans 82 % des élevages à une fréquence de 0,11. Au total, 35 à 45 % des chèvres possèdent un mutant défectif, soit en caséine αS1, soit en caséine β, ce qui n’est pas sans conséquence sur la qualité fromagère des laits. Concernant l’allèle nul en caséine β, la population est en équilibre, mais il existe des différences de fréquence entre les secteurs. A terme, la décision à prendre vis-à-vis des mutants défectifs dépend de l’orientation des éleveurs : production de chevreaux de boucherie dans les troupeaux à viande de type conservatoire ou amélioration de la qualité fromagère des laits dans les élevages laitiers traditionnels.