Un sistema agroforestal (SAF) se caracteriza por tener una diversidad de componentes como especies forestales maderables y no maderables, así como cultivos, pastos o un sistema de producción ganadera. Esta diversidad de componentes en el sistema reduce la intensidad de las enfermedades, por ejemplo, las foliares. Los objetivos fueron detectar los microorganismos fúngicos asociados a las manchas foliares de las especies vegetales que forman parte de los sistemas de producción agroforestal de los agricultores de Yurimaguas (Loreto) que participaron en el SLA y determinar el nivel de incidencia de las manchas foliares en los sistemas de producción agroforestal. En estas fincas se implementaron diferentes sistemas de cultivo de la tierra, como la palma (Bactris gasipaes) para producir palmitos y cacao (Theobroma cacao), incluyendo el plátano (Mussa sp.). También, sistemas silvopastoriles con especies maderables de crecimiento rápido y lento y ganado con pastos para el pastoreo y la reforestación en áreas de bosques secundarios en estado de degradación. Se realizó la prospección, recolección y determinación de la incidencia de las enfermedades en cada finca, y posteriormente se identificaron con métodos moleculares utilizando los cebadores ITS 1 e ITS 4. Los síntomas que se observaron, predominantemente, fueron manchas foliares en cacao (patrón), palma y plátano. No se observaron síntomas de marchitamiento, decaimiento o podredumbre. La incidencia se evaluó en dos periodos de recolección (2018 y 2019). Los hongos aislados de las manchas foliares fueron Pestalotiopsis sydowiana y Colletotrichum siamense como agentes causantes de las manchas foliares en palma y cacao, y Mycosphaerella fijiensis en plátano. Al determinar la incidencia desde abril de 2018 hasta octubre de 2019, se observó una disminución de este parámetro para las fincas con palma, especialmente en aquellas donde la implementación consistió en mejorar el sistema de producción a través de la fertilización con base en los requerimientos del cultivo. Se concluyó que la mayor intensidad de enfermedades foliares se presentó en los sistemas agrícolas con monocultivo de palma con un 100 % al inicio de la evaluación, y para los sistemas agroforestales en el prototipo silvopastoril, solo se detectó en un rango de 0 % a 25 %.
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